Inzicht in de samenhang tussen de anatomie en functie van de darm is in de afgelopen decennia door de moleculair-biologische revolutie enorm toegenomen. Deze kennis heeft ook bijgedragen aan de inschatting van de implicaties van het kortedarmsyndroom met betrekking tot de pathofysiologie, behandeling, voedingsbeleid en prognose. In dit artikel wordt de recente kennis over de ontwikkeling van de darm en het intestinale immuunsysteem besproken in relatie tot de veranderingen in functie en afweer die optreden na resectie van de darm.