De kanaalbehandeling is in verreweg de meeste gevallen pijnloos uit te voeren. Soms is er sprake van napijn; ernstige napijn is echter zeldzaam. Toch zijn er gevallen waarbij de patiënt veel last heeft of krijgt na de behandeling - zoveel zelfs dat contact met de tandarts wordt gezocht en dat een aanvullende behandeling noodzakelijk blijkt. We spreken in die gevallen van een flare-up (opvlamming). Aan de hand van een uitgebreid databestand van de endodontische kliniek van de University of Pennsylvania (Philadelphia, VS) werd nagegaan hoe vaak zo'n flare-up voorkomt.
