Naast de holistische theorie vormt de functieanalyse de tweede component van de geïndividualiseerde casusconceptualisatie. Nadat de holistische theorie (HT) je geholpen heeft bij het kiezen van een (eerste) probleemgedrag, analyseer je het geselecteerde probleemgedrag grondig verder. Dat gebeurt in de functieanalyse (FA). De FA vormt de overgang of brug tussen je HT en de concrete behandeling die je gaat instellen. Het gaat om een analyse van de factoren die het (probleem)gedrag in stand houden: een zoektocht naar de functie van het gedrag. We onderscheiden drie fasen bij het opstellen van een FA. In de derde en laatste fase vertaal je de verzamelde en geordende informatie met betrekking tot het gedrag zelf en haar antecedenten en consequenten naar leerpsychologische termen. De tweefactorentheorie van Mowrer biedt daarvoor een handig ‘model’: het geeft een mooie integratie van de klassieke en operante zijde van probleemgedrag.