De basale ganglia worden meestal in verband gebracht met de ziekte van Parkinson. De daarbij voorkomende tremoren, rigiditeit en bradykinesie lijken een gevolg van het disfunctioneren van de dopaminehuishouding van de basale ganglia (Brooks, 2000). Ondanks veel onderzoeken is de precieze rol die de basale ganglia vervullen bij het reguleren van motorische activiteit nog grotendeels onduidelijk.
Boyd en Winstein (2004) wijzen op een nadeel van parkinsonpatiënten als proefpersonen in het onderzoek naar de specifieke functies van de basale ganglia. De dopaminedepletie die met de ziekte van Parkinson gepaard gaat, vermindert de output van de basale ganglia maar belemmert hiermee misschien ook de functie van andere dopaminerge systemen in de hersenen. Onderzoeksbevindingen kunnen dus gebaseerd zijn op een veranderde neuronale functie van hersengebieden buiten de basale ganglia. Daarmee kan men zich afvragen of parkinsonpatiënten de ideale doelgroep vormen om het functioneren van de basale ganglia te onderzoeken.