Het intestinale microbioom (de micro-organismen die in de darm leven) bevindt zich voor de overgrote meerderheid in het colon en wordt darmflora genoemd. Het microbioom leeft in de gezonde situatie in symbiose met de gastheer en vervult een aantal belangrijke functies. Het microbioom produceert talloze metabolieten die de functie en permeabiliteit van de darm beïnvloeden. Daarnaast is het van belang bij energie-extractie uit de voeding en speelt het een belangrijke rol in de activiteit en ontwikkeling van het immuunsysteem. Het microbioom lijkt dan ook een belangrijke spil te vormen tussen onze voeding en verschillende gezondheidsuitkomsten. Een westers voedingspatroon en voedingsvezelarme voeding kunnen bijdragen aan dysbiose (verstoord microbioom) en hangen samen met een verhoogd risico op chronische aandoeningen als hart- en vaatziekten en diabetes mellitus, maar ook met sepsis en auto-immuunziekten. In dit hoofdstuk worden de basisprincipes van het microbioom besproken.