De bepaling van autoantistoffen is van grote betekenis bij de diagnostiek van een aantal auto-immuunziekten die ook bij kinderen kunnen voorkomen. Antinucleaire antistoffen (ana), gericht tegen kernantigenen die in veel en mogelijk alle weefsels gemeenschappelijk voorkomen, worden voornamelijk bij systemische auto-immuunziekten aangetroffen. Juveniele idiopathische artritis is dienaangaande het meest voorkomende ziektebeeld; de combinatie van gewrichtsklachten met trombocytopenie of een Raynaud-fenomeen enerzijds en ana anderzijds kan evenwel een eerste teken zijn van een meer zeldzame systemische auto-immuunziekte, zoals systemische lupus erythematosus of systemische sclerose, waarvan de eerste tekenen zich tijdens de kinderjaren kunnen voordoen. Orgaanspecifieke antistoffen, gericht tegen specifieke weefselantigenen, zijn een typisch kenmerk van orgaanspecifieke auto-immuunziekten, zoals insulineafhankelijke diabetes mellitus en auto-immuunschildklierziekten. Het samen voorkomen van verschillende orgaanspecifieke en niet-orgaanspecifieke antistoffen is klinisch relevant, aangezien dit aan de evolutie naar een combinatie van verschillende auto-immuunziektebeelden kan voorafgaan. Antineutrofiele cytoplasmatische antistoffen (anca) komen frequent voor bij een aantal primaire systemische vasculitiden, maar zijn doorgaans niet aantoonbaar bij de meest frequente vasculitiden op de kinderleeftijd, zoals de ziekte van Henoch-Schönlein en de ziekte van Kawasaki. Wanneer purpura bij een kind gepaard gaan met positieve anca en een sterke acutefaserespons, dient dan ook de mogelijkheid van een primaire vasculitis, zoals de ziekte van Wegener (in geval van c-anca) en microscopische polyarteriitis (in geval van p-anca), te worden overwogen.