Een goede financiële administratie is een voorwaarde voor een goede bedrijfsvoering. De meeste apotheken hebben een financieel-administratief medewerker in dienst, die alle financiële transacties vastlegt in een boekhoudpakket. Natuurlijk moeten alle gegevens kloppen. In de praktijk blijkt dat vooral kassafouten relatief veel voorkomen en leiden tot een kasverschil of foutieve btw-aangiften. Door secuur te werken kan een apothekersassistent dit soort fouten voorkomen. Verder kan iedere apothekersassistent de werkdruk van de financieel medewerker verlagen door in het groot in te kopen en niet telkens bij nieuwe leveranciers te bestellen. Aan het eind van ieder jaar maakt de accountant de jaarrekening op. Deze jaarrekening bestaat uit een balans en een winst-en-verliesrekening, met als belangrijke posten de inkoop en de personeelskosten. De beherend apotheker neemt op basis van een goede administratie beslissingen. Verkeerde cijfers kunnen leiden tot verkeerde beslissingen en dat moet natuurlijk altijd voorkomen worden.
