Antibiotica zijn hulpmiddelen van het afweersysteem. Het is daarom niet verwonderlijk dat antibiotica resistentie van bacteriën in het ziekenhuis vooral een bedreiging vormt voor personen met een ernstig onderliggend lijden dat ook de afweer onderdrukt, zoals bijv. patiënten die op de intensive care afdeling worden verzorgd, chemotherapie voor kanker krijgen, en hen die afweeronderdrukkende geneesmiddelen krijgen zoals orgaantransplantatiepatiënten. Deze vaak zieke patiënten ontberen een normaal afweersysteem en missen de mogelijkheid zich tegen infectieziekten te verdedigen, zodat ze gemakkelijker een infectie oplopen, vaak met laag pathogene micro-organismen, en als dat gebeurt toch ernstig ziek worden. De arts zal ze uit voorzorg vaker antibiotica voorschrijven, al bij vermoeden op een infectie. Doordat vaker antibiotica wordt voorgeschreven is de kans op selectie en kolonisatie, en infectie door resistente bacteriën verhoogd, wat er weer toe leidt dat de gebruikelijke standaard-antibiotica niet langer werken, en lastresort antibiotica voorgeschreven worden. Hiermee is een negatieve spiraal geïnitieerd. De antibiotica die in richtlijnen als eerste keus worden aanbevolen, blijken onwerkzaam, zodat andere antibiotica gebruikt moeten worden die vaak minder effectief zijn, of meer bijwerkingen oproepen. Kortom, de gevolgen van multidrug resistente bacteriën worden vooral gevoeld onder de al kwetsbare ziekenhuispatiënten met onderliggende medische condities. De gevolgen zijn een toegenomen morbiditeit, meer complexe ziekenhuisopnames, en toegenomen sterfte.
