De Volksgezondheidsprijs 2006 werd op 11 april tijdens het Nederlands Congres Volksgezondheid 2007 in de Doelen te Rotterdam uitgereikt aan mevrouw dr. Janine Stubbe, werkzaam bij het NIVEL te Utrecht. De jury had in eerste instantie enkele formele criteria gehanteerd: het zou moeten gaan om een jonge onderzoeker aan het begin van zijn of haar carrière, en bij voorkeur om een afgerond proefschrift. Daarna had zwaar gewogen de wetenschappelijke kwaliteit, de originaliteit en het maatschappelijke belang (de impact voor de volksgezondheid).