Het menselijke organisme heeft een aantal mechanismen ontwikkeld om zich te beschermen tegen de continue dreiging van micro-organismen uit de omgeving. Een groot deel daarvan draagt de mens steeds bij zich: de endogene flora. Grote aantallen bacteriën worden aangetroffen op de huid, op de slijmvliezen en in het maag-darmkanaal, vooral aan het begin (de mond) en aan het einde (de dikke darm). Andere micro-organismen bevinden zich buiten het organisme en heten exogeen. Onder normale omstandigheden, dat wil zeggen bij normale afweer, zijn de meeste endogene bacteriën niet schadelijk en hebben zelfs een beschermend effect. Zo zorgen bacteriën in de darm onder andere voor de productie van vitamine K, nodig voor de stolling. In de geneeskunde ligt de nadruk vaak op de gevaren die zij vertegenwoordigen, maar ook voor exogene bacteriën geldt dat de meeste voor de mens eigenlijk onschuldig zijn. De afweermechanismen tegen invasie van bacteriën kunnen onderscheiden worden in aangeboren en verworven mechanismen.
