Coeliakie kan op volwassen leeftijd worden gecompliceerd door kanker. Dit betreft meestal non-Hodgkin-lymfoom van de dunne darm en soms adenocarcinoom van de keel, slokdarm of dunne darm. Recente onderzoeken hebben laten zien dat het risico voor non-Hodgkin-lymfoom, farynxcarcinoom, oesofaguscarcinoom en dunnedarmcarcinoom bij patiënten met coeliakie lager is dan voorheen werd gerapporteerd. Het risico op enteropathy-associated T-cell lymphoma is hoger dan voorheen gerapporteerd, maar omdat het een zeldzame tumor betreft, is het uiteindelijke risico voor de coeliakiepatiënt beperkt. Vooral patiënten met refractaire coeliakie en ulceratieve jejunitis hebben een sterk verhoogd risico op kanker. Er zijn aanwijzingen dat er een verschil in risico op kanker bestaat tussen patiënten met klinisch gediagnosticeerde coeliakie en patiënten met niet-gediagnosticeerde coeliakie. Een goede verklaring voor dit verschil ontbreekt nog. Het glutenvrije dieet beschermt tegen het verhoogde risico op kanker, echter mogelijk niet altijd. Er zijn aanwijzingen dat coeliakiepatiënten die vanaf de kinderleeftijd met een glutenvrij dieet behandeld worden, geen met coeliakie geassocieerde maligniteiten ontwikkelen. Kanker is bij kinderen met coeliakie beschreven maar het is niet mogelijk om op grond van het beschikbare materiaal een uitspraak te doen over een werkelijke associatie. Kanker is de minst frequente complicatie van coeliakie, wat voor patiënten goed nieuws is.